L'enfance de Sasuke, relatée au cours du tome 25 de Naruto, montre qu'il a vécu dans l'ombre de son frère aîné Itachi Uchiwa, un surdoué du clan Uchiwa. Dans ses efforts pour gagner la reconnaissance des siens, Sasuke s'entraîne assidûment pour attirer l'attention de ses parents et surtout de son père Fugaku Uchiwa. Il n'arrive cependant jamais à surpasser les exploits réalisés par Itachi, qui est le seul à reconnaitre le potentiel de son frère[2],[3]. Lorsqu'Itachi prend de la distance avec son clan et coupe les ponts avec sa famille, celle-ci commence à voir en Sasuke la relève du clan[4].
Alors que Sasuke venait enfin d'être reconnu pour son talent, il revint un jour chez lui et trouva les rues jonchées des corps des membres du clan Uchiwa. Se ruant chez lui, Sasuke trouve Itachi debout devant les corps de leurs parents. Alors que Sasuke tente de fuir, Itachi explique qu'il les a tous massacrés pour « évaluer son potentiel » et qu'il n'a en réalité jamais aimé son petit frère[5]. Prétendant que Sasuke ne valait même pas la peine d'être tué, Itachi l'encourage à devenir plus fort en vivant dans la rage et la haine de son frère, avec comme unique but de venger le clan. Itachi prend la fuite, et en l'absence de l'amour de sa famille, Sasuke accepte de suivre ses instructions et voue sa vie à tuer son frère[6].
Des années plus tard, dans la deuxième partie de la série, il est révélé que Sasuke avait des doutes sur ce qui s'était passé cette nuit. Ce n'est qu'après la mort d'Itachi qu'il apprend la vérité sur le massacre des Uchiwa : il avait été commandité par le haut conseil du village de Konoha[7].
Inscrit à l'académie ninja de Konoha, Sasuke se démarque rapidement des autres et montre des capacités extraordinaires. Il devient orphelin lorsque son grand frère, Itachi décime son clan et déserte le village, le laissant seul. Il décide à ce moment de venger son clan et de devenir puissant pour tuer son frère.
Quand vient le moment d'intégrer une équipe, il rejoint l'équipe 7, où, pour des raisons d'équilibre de niveau, il doit cotoyer Naruto Uzumaki, le plus mauvais des élèves. Avec Sakura Haruno qui complète l'équipe, et sous les ordres de Hatake Kakashi, il remplit quelques missions de niveau D, avant de se distinguer dans la mission au Pays des Vagues. Son maître remarque l'individualisme de Sasuke, qui commence à changer au fur et à mesure qu'il cotoye Naruto, mais aussi son éveil au Sharingan.
Lors de l'examen chūnin, Orochimaru lui appose un sceau maudit durant la seconde épreuve, dont Kakashi ne peut qu'atténuer les effets avec un sceau dont l'efficacité est basée sur la volonté. Avant la dernière épreuve, Kakashi l'entraîne seul dans les montagnes et lui apprend à maîtriser la foudre et sa technique de prédilection, les « Mille oiseaux ». Il apparait durant la 3e épreuve, juste avant d'être disqualifié pour abandon. Suite à son échec face à Gaara qui aura permis à Naruto de se distinguer, il tentera de s'opposer à Itachi venu chercher Naruto pour le compte d’Akatsuki. Son nouvel échec lui fera prendre conscience du fossé qui le sépare encore de son frère. Il passera un long moment à l'hôpital, et lors de sa phase de convalescence, constatera la puissance de la nouvelle technique de Naruto, l’« Orbe tourbillonnant ».
C'est à ce moment qu’Orochimaru envoie le quartet d'Oto afin de l'attirer en lui promettant plus de puissance. Guidé par sa vengeance et déçu par ses progrès à Konoha, il quittera le village pour suivre l'enseignement d'Orochimaru. Sa sortie du Pays du Feu est marquée par un combat contre Naruto, alliant le sceau maudit et les « Mille oiseaux » face à l'« Orbe tourbillonnant » et la puissance de Kyûbi. Ayant gagné le combat, Sasuke laisse Naruto inconscient pour rejoindre son nouveau maître.
Peu d'informations sont disponibles sur ces deux ans concernant Sasuke. On ne voit Sasuke durant cette période qu'à quelques occasions.
Lorsqu'il rencontre ses anciens camarades Naruto et Sakura venus le chercher au repère d'Orochimaru avec Saï et Yamato, ces derniers constatent qu'il a créé de nouvelles techniques basées sur les « Mille oiseaux », et que son niveau est largement supérieur aux leurs. Il montre aussi une capacité à maîtriser Kyûbi grâce au Sharingan.
On le revoit ensuite lors d'un entraînement avec Orochimaru où il a vaincu d'« innombrables ninjas » sans verser une goutte de sang. Peu après ça, il se décide à attaquer Orochimaru afin d'aller réaliser son objectif : tuer Itachi. Alors qu'Orochimaru commence son rituel de transmigration d'âme, Sasuke parvient à le piéger et à l'enfermer dans son corps, grâce au Sharingan et à l'état de faiblesse dans lequel se trouve son maître.